Hola,
las relaciones de confianza, asi como toda la configuracion de la topologia de la red, se guarda en la base de datos del Active Directory y esta se replica en todos los DCs del dominio. El equipo que ostenta un ROL FSMO es el responsable
unico de realizar las configuraciones y cambios en las funciones propias de ese rol, pero ese cambio se almacena y replica en todos los DCs por lo que puedes mover el rol de un DC a otro DC del mismo dominio
que lo unico que estas haciendo es determinar quien es el responsable de realizar esas funciones pero eso no afecta ni destruye ninguna de las configuraciones que tuvieras hechas con anterioridad.
Saludos!!
MCTS: Windows Server 2008 Active Directory, Configuring