Hola avechuche,
Puedes hacer uso de Merge para insertar los registros que faltan y actualizar los que ya existen, te dejo un script de ejemplo para que tengas claro como afrontar lo que requieres:
/*Creamos una variable de tipo tabla como ejemplo para el manejo de Merge*/
DECLARE @TablaOrigen table (ID int, nombre nvarchar(100), edad tinyint);
DECLARE @TablaDestino table (ID int, nombre nvarchar(100), edad tinyint);
/*Insertamos datos en la tabla Destino*/
INSERT INTO @TablaDestino VALUES
(1, 'JUAN', 20),
(2, 'MARCOS', 30),
(3, 'PAUL', 40);
/*Insertamos datos en la tabla Origen*/
/*En este caso insertaremos un regostro adicional y modificaremos el registro con ID = 2*/
INSERT INTO @TablaOrigen VALUES
(1, 'JUAN', 20),
(2, 'MARCOS GABRIEL', 30),
(3, 'PAUL', 40),
(4, 'GABRIEL', 50);
/*Implementamos Merge*/
MERGE @TablaDestino AS Destino
USING (SELECT ID, nombre, edad FROM @TablaOrigen) AS Origen
ON (Destino.ID = Origen.ID)
WHEN NOT MATCHED THEN
INSERT (ID, nombre, edad)
VALUES (Origen.ID, Origen.nombre, Origen.edad)
WHEN MATCHED THEN
UPDATE SET nombre = Origen.nombre, edad = Origen.edad;
/*Revisamos los datos de ambas tablas para corroborar que tienen los mismos registros*/
SELECT * FROM @TablaOrigen;
SELECT * FROM @TablaDestino;
