Uhh que problema.!!!
Vas a tener que replicar con el método de replicación común. Al hacer la zona que replicas desde el Win2003 como Active Directory Integrada, la estás indicando como si fuese primaria (recuerda que en Windows 2000 solo existen zonas primarias, secundarias o AD y no puedes especificar el scope de las zonas integradas en AD)
Si el dominio windows 2003 esta en el mismo forest que el windows 2000, podrías configurar la zona del dominio 2003 en el DNS del 2000, y hacer que los servidores miembros del dominio 2003 actualicen sus registros dinámicamente en la zona creada en Windows 2000 (es decir, la zona no debería estar en los dns de 2003, e inclusive podrías dejar los forwarders para que las consultas sean dirigidas al servidor 2000)
Si los dominios no están en el mismo forest, se te complica un poco. Tienes dos opciones, o habilitas a que dicha zona soporte actualizaciones seguras y no seguras (OJO OJO OJO ahí implica que cualquier vago puede, con un cliente con soporte de actualizaciones dinámicas DNS, actualizar un registro en la zona) o mantienes la zona a mano (es decir vos creas tus propios registros a mano cada vez que tengas que hacerlo)
Saludos
Rodrigo de los Santos
