MBR soporta hasta 2 TB, asi que no tenes problemas de hacerlos MBR
Las particiones GPT soportan tamaños mayores a 2 GB pero no pueden ser utilizadas para iniciar el sistema, por lo que si vas a crear un Raid 1 con dos discos de 1 TB cada uno, no veo motivo para utilizar GPT.
Si queres en el mismo RAID 1 dos particiones, hace una de 100 GB para SO y una de 900 GB para datos... Recorda que con Windows Server 2008 podes cambiar el tamaño de las particiones "on the fly" sin problemas.
Esteban