Esa carpeta es muy delicada. Por lo pronto, el Service Pack 2 de Windows Server 2008 (y por consiguiente Windows Vista) proporciona una herramienta de línea de comandos para eliminar los componentes previos a este Service Pack 2. Consiste en ejecutar COMPCLN con
privilegios de administrador, preferiblemente dentro de una ventana del símbolo del sistema. A partir de ese momento no será posible desinstalar el service pack.
No conozco otro método fiable para reclamar espacio de Winsxs.
No puedo garantizar a priori que mis respuestas sean exactas y acordes a los problemas descritos, pero por lo menos yo no las voy marcando como propuestas o definitivas sin saber si han sido útiles o no. Tampoco vinculado a Microsoft.