Hola Fernando,
Aunque es claro el comportamiento, esto se podria deber a varias cosas. Lo que te recomiendo es:
1) valida que la base esta en estado saludable (clean shutdown) mediante:
eseutil /mh "base.edb"
de no ser asi reparala mediante los parametros /r (soft-repair) o /p (hard-repair)
2) Valida que no tengas problemas de storage
3) Si tienes una DAG valida que tengas problemas de red que esten causando que tu cluster perciba la base como "unreachable" y haga fail-over a una copia pasiva
4) Valida que no estes siendo impacto por backpressure
5) Intenta mover la base de ubicación o bien, crear una nueva y hacer un re-home de buzones
Esto deberia ayudarte a resolver el problema, si puedes compartir algunos logs, eso ayudaria a triangular el problema, pero de momento puedes intentar lo arriba mencionado
Saludos
Geovany Acevedo | Exchange Architect | MCITP MCSA MCSE:Messaging MVP:Exchange