Bonjour,
Le plus propre (et surtout la façon supportée) est de recréer une VM, faire un Exchange Server Recovery dessus pour réinstaller l'un des serveurs fantômes, puis désinstaller proprement Exchange, ce qui nettoiera *proprement* l'AD.
Voici la procédure pour le recoverserver, elle n'est pas tres compliquée :
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd876880(v=exchg.141).aspx
Bruce Jourdain de Coutance - Consultant MVP Exchange http://blog.brucejdc.fr