C'est bon j'ai trouvé comment enlever l'alerte !
On peut laisser les paramètres dans HKCU\software\Microsoft\internetexplorer\searchscopes\
mais ensuite il faut supprimer la clef :
"HKCU\software\Microsoft\internetexplorer\User Preferences"
elle va se recréer et l'alerte n'apparaitra pas