Cette alerte est gérée nativement par Internet Explorer, donc non desactivable au niveau d'Exchange et IIS
Il est recommandé dans votre cas d'installer le certificat en tant que certificat de confiance sur vos postes en interne, soit manuellement, soit via GPO.
Maxence Derieppe -- Consultant Overlap Groupe -- MCITP Windows Server - Exchange --
http://derieppe-maxence.blogspot.com