Purtroppo è un problema noto, l'installazione di un aggiornamento (soprattutto se delle funzionalità, anche detto aggiornamento di release) può portare alla reinstallazione dei driver dei dispositivi, il che comporta automaticamente una riassegnazione del
numero di porta COM.
Esistono alcuni software di terze parti (io ne conosco solo uno, ComPortMan, ma è a pagamento) che funzionano come servizio e "riassegnano" le numerazioni delle porte COM in base alle impostazioni configurate, ma non sono sicuro che possa essere
utile anche nel tuo caso. Magari puoi provare ad eseguire qualche test.