Solitamente, all'apertura di un semplice collegamento, viene avviato Internet Explorer su server in RemoteApp quindi credo che il problema dipenda solo da come è strutturata la tua applicazione. Ad esempio su Word in RemoteApp,
i collegamenti vengono in genere aperti in questo modo (se si vuole invece aprire il collegamento dal browser locale è necessario utilizzare una soluzione di Browser Redirection di terze parti).
Se esegui l'applicazione direttamente dal desktop del server (non del computer) funziona correttamente? Se funziona, potrebbe essere necessario cambiare approccio per la gestione dell'applicazione...
