Ciao Lorenzo, probabilmente l'acer recovery manager ti ha sovrascritto il boot loader modificato con le due entries.
Devi aprire il file boot.ini con notepad o un altro editor (attento, non lo troverai facendo "cerca nel computer"), per configurare due partizioni bootabili dev'essere scritto in una maniera simile a questa :
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Windows (1), C:" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Windows (2), D:" /fastdetect
Attenzione però, ti sconsiglio di eseguire queste operazioni da solo se non sei pratico, c'è il rischio di sbagliare e trovarti in situazioni dove il sistema operativo principale non parte piu e di conseguenza dover resettare di nuovo con l'utility acer.
Un saluto