sicuramente la tua idea e`fattibile,
si potrebbe fare cosi`: sul nuovo server installi solo hyper-v, sopra di esso di esso ci installi un VM che fa da DC e un'altra per exchange.
inoltre userei il server2 in tuo possesso come un DC aggiuntivo e file server in replica.
per come fare la migrazione, ti conviene virtualizzare sbs2003 e fare delle prove, trovi qui un po`di documentazione:
http://blogs.msdn.com/b/sbsdocsteam/
ciao
P.s. a livello economico valuta anche l'opzione sbs2011.
Alberto Lissoni MCSA, MCTS, MCITP Server