Puoi modificare il colore, ma poiché Explorer.exe non è caricato non credo che potrai visualizzare proprio un'immagine di sfondo.
In ogni caso potresti provare ad andare alla chiave:
HKEY_USERS\.DEFAULT\Control Panel\Desktop
a creare un nuovo valore stringa "Wallpaper" e ad impostare il percorso del file. Il file dovrà avere un accesso in lettura, per sicurezza imposta tale autorizzazione per tutti gli utenti.
Per modificare il solo colore prova invece ad agire sul valore "Background" alla chiave:
HKEY_USERS\.DEFAULT\Control Panel\Colors
Di default è impostato su 0 0 0 (ovvero nero in codice RGB).