dipende da come è scritto il programma e da come avviene la sua chiamata in .net.
se l'exe richiede la presenza interattiva dell'account utente per la sua esecuzione ma viene eseguito nel contesto dell'account con cui gira l'application pool che non ha una sessione interattiva,
questo è il motivo più probabile per cui il programma non fa niente e non viene terminato.
per avere una maggiore aiuto dovresti postare sia il codice dell'exe sia il codice della sua chiamata in aspx.
ciao.
Edoardo Benussi
Microsoft MVP - Cloud and Datacenter Management
edo[at]mvps[dot]org
