なぜ一部のユーザーだけ列が真っ白になるかは分かりませんが、真っ白にしているのは、ドキュメントパーサーですね。
https://blogs.technet.microsoft.com/sharepoint_support/2014/11/07/sharepoint-5/
上記のサポートページにドキュメントパーサーのON/OFFの手順がありますので、てっとり早く、OFFにしてみて、現象が再現されるかどうか、確認して頂いてもよいかもしれません。
また、根本的な原因の調査には情報が足りないので、少なくとも以下の情報を頂ければ、何か分かるかもしれません。
・現象の対象となるファイルの種類
現象が発生するドキュメントはOfficeドキュメントか。.txtファイルのようなファイルでも発生するのか。
・現象の対象となる列
消える時は、すべての列の情報が消えるのか。特定の列だけ消えるのか。特定の列だけ消える時は、消える列と消えない列で名称に何らかの違いがあるか。
・現象の再現性
現象が発生する一部のユーザーにおいて、ドキュメントを上書きすると必ず発生するのか。上書きせずに、ダウンロード・アップロードでも列が消える事があるのか。