私もWindows Server 2012より自動構成スクリプトの設定がなくなり困ったので、正しいかどうかはわかりませんがレジストリにて処理しています。
設定は、
ユーザーの構成→基本設定→Windowsの設定→レジストリに登録します。
ここで、新規作成→レジストリ項目を指定したらウインドウが開くので
アクション「更新」→ハイブ「HKEY_CURRENT_USER」
キーのパス「Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings」
① 値の名前「AutoConfigProxy」値の種類「REG_SZ」値のデータ「Proxy.pacのアドレス」
② 値の名前「AutoConfigURL」値の種類「REG_SZ」値のデータ「Proxy.pacのアドレス」
上記の①と②の二つを設定して問題なく動いています。
あと、
アクション「更新」→ハイブ「HKEY_LOCAL_MACHINE」
キーのパス「SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\Main\FeatureControl\FEATURE_AUTOCONFIG_BRANDING」
値の名前「iexplore.exe」値の種類「REG_DWORD」値のデータ「00000001」「16進数」
この設定を入れると、「設定を自動的に検出する」のチェックが外れます。
一応、これで私はコントロールできています。