チャブーンです。
おっしゃる動作は、やはり仕様上やむを得ないと思います。
それ以前として、一般に、「利用者目線で問題が発生する」ことがわかっているメンテナンス項目については、「ユーザが利用しない時間帯」に行うことが普通です。たとえば夜間や早朝、昼休みといった時間帯です。システム管理者側の都合上それができない場合、特定の時間帯をメンテナンスのためにユーザに利用を中断してもらえるよう、段取り(協議)するしかありません。
追記：なるほど、エクスプローラでは無理ですが、Start + icaclsコマンドで優先度を下げて実行する方法がありましたね。大変失礼しました。ご指摘ありがとうございます。
追記の追記:ちなみにstart + explorer.exeで優先度を下げようとした場合は、/low実行しても通常レベルでプロセスは起動してしまうようです。「別プロセスでウインドウを表示する」をONにしても結果は変わらなかったので、これは多分無理なんだと思います。
