アドバイスありがとうございます。
結果報告として、チャブーンさんのアドバイスをNTPサーバのレジストリに設定しましたが、構成(3)のWidows7(NTPクライアント)で、w32tm /resyncを実行したところ「古い時刻データしか利用できなかったため、コンピュータは同期をとり直しませんでした」が表示され、時刻同期することができませんでした。
アドバイスの３点は、構成(3)のwindows7：NTPクライアントに設定する項目ですか？
また、情報が抜粋でしたので、詳しい情報を追加しました。
NTPサーバでw32tm /query /status /verboseを実行すると以下ように表示されました。
C:>w32tm /query /status /verbose
閏インジケーター: 0 (警告なし)
階層: 1 (主参照 - 電波時計で同期)
精度: -6 (ティックごとに 15.625ms)
ルート遅延: 0.0000000s
ルート分散: 0.0000000s
参照 ID: 0x4C4F434C (ソース名: "LOCL")
最終正常同期時刻: 2015/04/23 10:43:27
ソース: Free-running System Clock
ポーリング間隔: 6 (64s)
フェーズ オフセット: 0.0000000s
クロック レート: 0.0156250s
State Machine: 0 (設定解除)
タイム ソース フラグ: 0 (なし)
サーバーのロール: 576 (高信頼タイム サービス)
最終同期エラー: 1 (時刻データが利用できなかったため、コンピューターは同期をとり直しませんでした。)
最終正常同期時刻からの時間: 25275.7656250s
また、構成(3)のwindows7：NTPクライアントでは以下のようになりました。
●NTPクライアントで、日付と時刻の画面からインターネット時刻設定で時刻合わせを行った直後
C:\>w32tm /query /status /verbose
閏インジケーター: 0 (警告なし)
階層: 2 (二次参照 - (S)NTP で同期)
精度: -6 (ティックごとに 15.625ms)
ルート遅延: 0.0312500s
ルート分散: 7.8729456s
参照 ID: 0xC0A80002 (ソース IP: NTPサーバのIPｱﾄﾞﾚｽ)
最終正常同期時刻: 2015/04/23 19:18:33
ソース: NTPサーバのIPｱﾄﾞﾚｽ,0x9
ポーリング間隔: 10 (1024s)
フェーズ オフセット: -0.1250000s
クロック レート: 0.0156250s
State Machine: 1 (保留)
タイム ソース フラグ: 0 (なし)
サーバーのロール: 0 (なし)
最終同期エラー: 0 (コマンドは正しく完了しました。)
最終正常同期時刻からの時間: 3.2343129s
●NTPクライアントで、時間が経過した後
C:\>w32tm /query /status /verbose
閏インジケーター: 3 (最後の 1 分間は 61 秒)
階層: 0 (未指定)
精度: -6 (ティックごとに 15.625ms)
ルート遅延: 0.0312500s
ルート分散: 7.8080804s
参照 ID: 0x00000000 (未指定)
最終正常同期時刻: 2015/04/23 10:45:12
ソース: NTPサーバのIPｱﾄﾞﾚｽ,0x9
ポーリング間隔: 10 (1024s)
フェーズ オフセット: 0.0000000s
クロック レート: 0.0156250s
State Machine: 0 (設定解除)
タイム ソース フラグ: 0 (なし)
サーバーのロール: 0 (なし)
最終同期エラー:1 (時刻データが利用できなかったため、コンピューターは同期をとり
直しませんでした。)
最終正常同期時刻からの時間: 118.1875000s
NTPクライアントで時間が経過した後、階層が0(未指定)や参照 ID: 0x00000000 (未指定)になったりするのは、上位のNTPサーバがLOCAL時刻なのが原因だと思っているのですが、私の認識あっていますでしょうか？
また、NTPサーバのLocalClockDispersionは、ソースから時刻を取得できない場合の内蔵時計の精度を秒で示すものであって、値を0に変更しても、今回のような外部信号から強制的に時刻を合わせた場合、NTPサーバ(w32time)は、w32timeが時刻合わせをしていないため、時刻同期していないと判断されるのではないかと思っています。私の認識あっていますでしょうか？
上記のような場合に回避策あればアドバイスがあれば助かります。
