チャブーンです。
切り分け上は、ネットワークでもローカル上でも問題が発生するようにも見えますが、状況が全然違う感じなので、ちょっとわからないですね。
これは、きちんと調べるなら、IPパケットをキャプチャリングして(Wiresharkのようなツールで)この内容を解析する、といった流れになるのかなとは思います。
ですが、状況からGiga-Ethernetまわりに問題があるのかもしれません。Windows Server 2008 では Scalable Networking Pack (SNP) という機能があり、これでネットワークカード上での TCP オフロード機能を実現しているのですが、この機能が有効になってる場合(OEM版だとあるようです)、問題となっているのかも知れません。
この方法で無効にしてみてはどうでしょう?