Spring '14以前からメール連携をE-mail Routerで実施され、
この度、Spring '14へのアップグレード及びRouterへのSP1適用をされたと理解しています。
おそらくこのようなケースでの利用はかなり少ないと思います。
再現でき、解決すべき問題ということであれば、サービスリクエストを発行するのがよいかと思います。
MSのエンジニアによる対応を受けることができます。
Office365管理センターのサポートからサービスビスリクエストをクリックすると発行の画面となります。
状況の説明は、画面にテキストを記載して説明するよりも、Excelなどのファイルに
画像を貼り付けて説明したほうが、先方担当者との齟齬が少なくなり、早く解決に至る傾向があるように思われます。