> 各サイト配下にweb.configがあると認識していましたが、web.configが存在しないサイトがあります。
> この場合、web.configと同等の設定ファイルはどのファイルになるのでしょうか?
IIS7.x の場合、「同等」ではなくて上位ですが、Machine.config, .NET Framework のルート Web.config, ApplicationHost.config の適用を受けます。
詳しくは以下の記事の「サーバーレベルの構成は、次の構成ファイルに保存されます」というところを見てください。
IIS 7 で構成ファイルを使用する
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc754617%28v=ws.10%29.aspx
IIS6 は IIS7.x とは違ってメタベースに構成情報があったと記憶していますが、自分は詳しいことはもう忘却の彼方です。お役に立てずすみませんが、他の方の回答をお待ちください。
IIS メタベース
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc780849(v=ws.10).aspx