自己解決しました。
Surface Pro 2 本体のレジストリ設定が101キーボードになっていました。
もちろん設定(デフォルト)でも問題なく使えるのですが、この設定により
Hyper-V仮想化した際に、ゲストOS側の何らかのタイミングでこの設定に
変わってしまうようです。自分が確認した場合ではWindwosUpdateでした。
デスクトップPCで同じことをしても現象発生せず、その仮想イメージを
Surface Pro 2にコピーして起動したら再現したので、Hyper-V側の問題
ではないと断定しこの解決に至りました。
ゲストOSでWindows8.1だけを入れた状態だと日本語キーボードとして
認識していたので、まさかこんなオチだとは・・・
ただSurface本体のレジストリを変えても既に作成したゲストOS側は解決
しないため、ゲストOSを再作成することで解決してます。