サーバの設計構築担当者としての経験から回答させて頂きます。
>①
>システムを制作されるような方々は一般的に
>システム用のみの領域として小さめの領域を設定するものなのでしょうか？
>(この部分に共有フォルダを作るのはおかしいですか？？)
Cドライブをシステム領域、Dドライブ等をデータベースやアプリケーションのインストール先もしくはデータの格納先として分ける場合は、Cドライブは50GB未満にする事があります。
システムが稼働するための容量が確保できれば問題ないためです。
逆に、Cドライブのみで運用する場合は、システム領域＋その他ソフトウェアの領域の合計値を算出して設定する必要があるので、100GB以上にする事ももちろんあります。
共有フォルダについては、特別おかしいという事もありません。
便宜上、どこのドライブで作成するだけかの違いです。
>②
>この未割り当ての部分は無駄な領域という認識で
>間違いないでしょうか？
>今の容量にプラスして使うことは可能でしょうか?
未割当の領域は無駄の領域の認識で合っています。
使えるものを使わないようにしているので、サーバの構築途中であったり他の用途のために未割り当てにしていた等の理由がない限りはボリュームを割り当てておくのが一般的だと思います。
Windowsのファイルシステム管理は比較的簡単ではありますが、問題が発生しないよう専門家にお任せする事をお勧めします。
回答としてはこのようになります。
正直、運用レベルに入っているサーバでそのような状態になっているとすると、色々と怪しいので対応できる人を見つける、待った方が良いと思います。
（私もそのような状態のサーバを引き渡されても勘ぐってしまい戸惑うと思います）
