なまけものSE さんの回答でであってると思います。
ご紹介された MSDN のページは、KentaroM さんがどんな aspx ページを作成しようとしているかによって混乱しがちな記述もありますのでちょっとだけフォローをさせていただきます。
この MSDN のページは SharePoint 内で使用する aspx や ascx のプロジェクト作成方法が記載されています。
そうではなく、独自の ASP.NET Web アプリケーションから SharePoint オブジェクトを使用するのであれば、最後の方の記事だけ参考にすれば良いです。
----- MSDN サイトより -----
[参照] タブをクリックして、Windows SharePoint Services が動作しているサーバーの Local_Drive\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Web Server Extensions\12\ISAPI フォルダ内にある Microsoft.SharePoint.dll に移動します。その代わりに、Microsoft.SharePoint.dll をこのフォルダからリモート コンピュータのローカル ドライブにコピーしてから、この DLL のローカル コピーを開くこともできます。[開く] をクリックします。
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結局、なまけものSE さんのおっしゃる通り、SharePoint のインストールと共に上記 ISAPI フォルダ内に作成される Microsoft.SharePoint.dll に参照設定すれば良いのです。
