こんにちは、フォーラムオペレーターの三沢健二です。
ドメインコントローラーに限った話ではないのですが、、、端末がマルチホーム構成になっていた場合、環境や設定によっては何らかの問題が発生する可能性は考えられます。
（もちろん、必ずしも問題が発生するわけではありません）
ただ、どのような問題が発生するか、また回避策をどうすればよいか、については、環境によって様々と思われますので、下記の情報などを参考にしていただき、Koji.M さんの環境や目的に適した設定を行っていただければと思います。
- 参考情報
ドメイン コントローラのプライベート ネットワーク インターフェイスが DNS に登録される
http://support.microsoft.com/kb/295328/ja
Windows 2000 および Windows Server 2003 で DNS 更新を有効/無効にする方法
http://support.microsoft.com/kb/246804/ja
マルチホーム ドメイン コントローラーでは、アクティブ ディレクトリ通信に失敗します。
http://support.microsoft.com/kb/272294/ja
マルチホーム化されたブラウザに関する問題
http://support.microsoft.com/kb/191611/ja
（マスタブラウザとして動作していれば）
マルチホームのコンピューターから接続 NetBIOS で遅延します。
http://support.microsoft.com/kb/166159/ja
（Win2003 などでたまに見かける症状です）
The Cable Guy 強力なホスト モデルと弱いホスト モデル
http://technet.microsoft.com/ja-jp/magazine/cc137807.aspx
（Vista 以降の OS で実装が変わったようです）
ドメインに接続されている Windows Vista ベースまたは Windows Server 2008 ベースのコンピューター、ドメイン プロファイルではなく、Windows ファイアウォール ポリシーのパブリック プロファイルまたはプライベート プロファイルを使用します。
http://support.microsoft.com/kb/938756/
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
______________________________________
マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
