Windows Server 2003ではWindows Firewall/Internet Connection Sharing (ICS)」 サービスがスタートアップの種類で既定で「無効」になっています。このサービスを有効にしスタートアップの種類で開始させてWindowsファイヤーウォールの設定を見ると既定では「無効」になっています。
もしWindows
ファイアウォールの設定を既定値「無効」から変更するのであれば、「ローカルエリア接続」のプロパティから「詳細設定」と操作していって「既定値に戻す」とファイヤーウォールは「有効」になります。あとは自分の会社の環境に応じて「例外」として許可したいポートを追加すればよいのではないでしょうか。（Windows Firewall/Internet Connection
Sharing (ICS)」 サービスを停止させスタートアップの種類で再度「無効」に戻してください。）
http://tooljp.com/qa/B8DE7415988104354925751D006CC861.html
ドメイン環境で使用されるポート番号についてはしたのページにあります。
http://blogs.technet.com/jpntsblog/archive/2009/03/04/3208978.aspx
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=dd6bed8f-a706-48ee-95b7-bdc21455815a&DisplayLang=
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;832017
>DNSで統合ゾーンでForestDnsZones,DomainDnsZonesがありますが、ドメインにAレコードを登録するときはこれらのゾーンにも手動で登録する必要があるのでしょうか？
Windows 2000以降のクライアントでは手動で登録する必要はありません。
>すべてのドメインコントローラのレコード（Aレコード,SRVレコード）をForestDnsZones,DomainDnsZonesに書いておいた方がよいでしょうか？
手動で書く必要はありません。
>ファイアーウォールで最初はアプリが通信するときに通信を許可するかダイアログがでたと思うのですが、もう一度毎回きいてくるようにするにはどうすればよいでしょうか？
状況がよく分かりませので別の回答を待ってください。
試験問題作成委員会(http://shikenmondai.blog.shinobi.jp/)
