大神二丁目 さん、こんにちは。
フォーラムオペレーターの三沢健二です。
念のために確認させていただきたいのですが、check disk は仮想マシンが起動する際に、仮想マシン内で実行されている、といった認識でよろしいでしょうか？
私の方でも多少調べてみましたが、なかなかご案内出来るような情報が見当たりませんでした。
もしかしたら、VHD ファイルを複数の仮想マシンで使用している事が原因ではないかもしれませんので、念のために、VHD ファイルを共有して使用するのではなく、それぞれの仮想マシン分用意して専用で使用した場合に、同じような問題が発生するかを確認いただければと思います。
（再現頻度が低いようなので、切り分けを行うのは難しいかもしれませんが、、、）
また、それぞれの仮想マシン内で、気になるようなイベントが残っていないかも確認してください。
あと、こちらは無関係かもしれませんが、Vista に ServicePack が適用されていないのが気になります。
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
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マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
