このポリシーは、エクスプローラーからの起動を抑制するものです。そのため、コマンドプロンプトから起動する場合に動作するのは仕様隣ります。
同様に、JavaScriptやVBS、VBAなどを経由しても起動できてしまいます。
以下、当該ポリシーのヘルプ文書(Windows7)です。
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この設定で指定したプログラムが Windows で実行されないようにします。
この設定を有効にした場合、ユーザーは実行を許可しないアプリケーションの一覧に追加されたプログラムを実行できません。
この設定は、エクスプローラー処理によって起動されるプログラムをユーザーが実行できないようにするだけです。ユーザーは、システム プロセスやその他のプロセスによって起動されるプログラム (タスク マネージャーなど) は実行できます。
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目的に近いものとしては「Applocker」機能をご検討ください。
