Ashidacchi Hokusosha さんが書かれているように公式にはサポートに問い合わせていただくべき内容かと思いますが、サポートから回答が得られるかどうかは微妙な内容ですね。
これまでの Windows のアップグレード時も同じような互換性チェックがありますが、それは基本的に Microsoft が収集したアプリケーションやドライバーの互換性データベースに基づいてチェックされているようです。つまり Microsoft 社内での検証や、プレビュー版からのフィードバック、テレメトリーによって互換性のないソフトウェアの情報を収集してデータベース化し、そのデータベースに基づいて判定しているようです。
そのため、Microsoft の検証やプレビュー版のユーザーでの利用が期待できないような社内アプリケーションや特定の範囲でのみ利用されているアプリケーション、そして (失礼ながら) あまり売れていないマイナーなアプリケーションについては未検証の状態になると思われます。
ご希望の動作については、貴社のアプリケーションがインストールされたまま Windows 10 にアップグレードされると、(アプリケーションではなく) Windows 10 の動作に深刻な問題を生じ、かつそれへの対処方法が無いか困難という検証結果があるのでしたら、一度 Microsoft のサポートに早めに (もう間に合わないかもしれませんが) 相談されると良いでしょう。
そうではなく、単にライセンス的な問題などで Windows 10 にアップグレードさせたくないとか、Windows 10 にアップグレード後貴社のアプリケーションの動作に問題が生じるが、アプリケーション側の改修で対処可能である、というような場合は、希望のような動作となるよう Microsoft に依頼しても対処してもらえないでしょう。
hebikuzure
