質問したのに放置してしまい大変失礼いたしました。
こちら(アプリケーション)側で回避して解決しました。
VisualBasicで作成したアプリケーションで、全画面表示の画面を作りこんでいて、リモートデスクトップでその環境を呼び出すのですが
ユーザにリモートデスクトップでの切り替えを意識させずに使用してもらいたかった、というのが
質問させていただいた理由です。
その後、リモートデスクトップの切替でユーザを切り替えるという仕様から
リモートデスクトップ自体は立ち上げたまま、アプリ側でユーザを切り替える仕様に変更して解決しました。
ありがとうございました。