既定でクロール対象になっていないコンテンツもあるため、その警告は基本的には無視できるものです。ご質問されている、うまく検索できない原因とは直接的には関係ないと思います。
SharePoint はクロール時に当該コンテンツをダウンロードし、言語判定、本体とメタデータの抽出、単語分解 (一般的にはワードブレーク) などが実施されます。検索システム全般に言えることですが、特に2Byteの文化圏では文の区切りが判別しにくく、単語が思うように分割されていないこともあります。たとえば、東京都 は東京と都、の組み合わせかもしれませんし、東と京都の組み合わせかもしれません。というように、分割が難しいケースがあります。
こうしたケースに対処するために、まずできる工夫としてワイルドカード検索が利用できます。これは前方位置しか対応していませんが、test* などと検索します。こうした工夫をしてみてください。他にも SharePoint 2013 であれば、プロパティ制限での検索など使えば、いろいろと絞り込みができるため、キーワードを当たりやすく工夫できます。
上記の質問だけでは漠然としているので、まずは、ワイルドカードの利用あたりから試してみるとよいのではないでしょうか。
SharePoint 2013 をご利用であれば、弊社では「Microsoft SharePoint 2013 エンタープライズ検索の基本的な仕組みとカスタマイズ(速習)」(http://www.office-i-corp.jp/courses/oh-2013-210.htm) という研修も実施しています。何かヒントになることもあると思います。独学に限界を感じたらご利用をご検討ください。
