こんにちは、北川です。
正式な回答はサポートにお問い合わせいただいたほうが良いかと思います。
逆に、プロファイルの移行において基本的な考え方として、パスワードや証明書が簡単に移行できてしまうようなものはセキュリティ的に脆弱だと考えています。
パスワードや証明書は、これは各ユーザーが管理し、証明書などはエクスポートしておくべきことです。
（どこかのスレッドであったかと思いますが、部長さんのパスワードを新人さんの PC にコピーして使えてしまっては困りますよね。）
ADMT に限ったことでなく、プロファイルのコピーや USMT などのツールを用いてもこの問題は解決できません。
これはそれぞれの利用者の方が管理すべきことであるためです。
（ADMT が必要なシナリオでは難しいかと思いますが、移動ユーザー プロファイルでデータを移行するなど、様々な方法を実施されている方も見えるかと思いますので、投稿を待ってみても良いかもしれません。環境によっては moveuser を試してみるのも良いかもしれません。）
以下は USMT に関するドキュメントですが、移行できないパスワードなどに関する情報が記載されていますので、ご紹介いたします。
ファイルと設定の移行チーム ガイド
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc824812.aspx---------------------------------------------
USMT は、ワークステーション上に格納されている、Microsoft Outlook Express、Internet Explorer などのアプリケーションのパスワードや、割り当てられたネットワーク ドライブのパスワードを移行しません。
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Outlook Express のアカウント情報はエクスポートできるので、事前に利用者の方にエクスポートいただき、新しいプロファイルでインポートしていただくような運用をご検討いただければと思います。
ただ、移行においては検証環境を準備して、しっかり検証されることをお勧めいたします。
どうしても環境によって、予期しないことはおきるため、事前に準備をしておくに越したことは無いためです。
こちらの情報が参考になれば幸いです。
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タグ乱れを直していただきまして、ありがとうございました。
また、お手数をおかけしました。
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