masakichi さん、こんにちは。フォーラムオペレーターの鈴木裕子です(^O^)／
確かにWin2003SP１で修正されている現象であれば、Win2003R2は該当しないですね。。。
調べてみたところ、数多くの事例があったわけではないのですが、Win2003SP1やWin2003R2でも、ご投稿のエラーが表示された事例はありました。
確認できた範囲では、上記の環境でも、メッセージで[OK]すると、SYSVOLのアクセス権が変更されたというログが出力されて、その後メッセージも出なくなったようだったので、masakichi さんの環境でもそれで回避できる可能性はあるのかなと。
KBとは環境が違うので、必ず回避できるとは言い難いですが、メッセージの内容からしても、やはり、まずはメッセージに沿って[OK]してみるのが良いのではないかなと思います。
修正されるのは、文字通りSYSVOLのアクセス許可だと思いますので、影響があるとすれば、明示的にSYSVOLのアクセス許可を設定されていたのであれば、それで可能にしていた運用部分ではないかと思います（修正されることで何か問題が発生したという情報は、見た範囲ではありませんでした）。
明示的にSYSVOLのアクセス許可を変更していないのにエラーが出たという事例もありましたが（その原因は、残念ながら特定できていませんでした）、そのような場合でも[OK]で回避できているようでした。
何か公開されている情報がないか探してみたのですが、残念ながら見つからず・・・いまひとつ説得力のない情報でごめんなさい。
もしご不安でしたらサポート窓口にお問い合わせいただいた方が良いのかなとは思いますが、参考までに、英語のエラーメッセージを紹介させていただきますね。
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SYSVOL フォルダ内のこの GPO のアクセス許可は Active Directory 内のアクセス許可と一致していません。これらのアクセス許可が一致することを推奨します。SYSVOL アクセス許可を Active Directory のアクセス許可に変更するには、[OK] をクリックしてください。
The permissions for this GPO in the SYSVOL folder are inconsistent with those in Active Directory. It is recommended that these permissions be consistent. To change the permissions in SYSVOL to those in Active Directory, click OK
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こちらをキーワードに探してみていただくと、何か参考になる情報が集まるかもしれません・・・
ご参考となれば幸いです！
マイクロソフト株式会社 フォーラムオペレータ 鈴木裕子
