同様の環境で運用していますが、導入前のテストで、仮想ゲストの移動やインポートにより、Hyper-Vドライブや仮想ゲスト自身，Initial Store等で整合性チェックエラーが起こり,、解消されなかった事があります。
「整合性チェックの実行」や「回復ポイントの作成」を実行しても、整合性チェックエラーが解消されない場合、エラーの発生している項目を「メンバーの保護の停止」で「ディスク上のレプリカを削除」を選択し、完全に削除した上で、再度、保護グループの変更で削除した項目を選択し直す事を試して見て下さい。
それでも、整合性チェックエラーが出る場合は、グループの保護の停止で「保護されるデータを削除する」完全に削除した上、で保護グループを再設定して見て下さい。
テスト環境であれば、以上の方法で良いですか、本番環境であれば、整合性チェックエラーの保護グループと同一内容のグループ（バックアップ時間は重ならないように）を追加作成されて、成功確認後に、エラーの出た保護グループを一括削除されてはいかがですか？
完全削除の場合は、復元出来なくなりますので、自己責任でお願いします。
