チャブーンです。
より万全を期したいのであれば、DCをシャットダウンする前にFSMOを他方のDCに移動しておくことを推奨致します。
余計なお世話かもしれませんが、更新プログラム適用後の再起動、というレベルであれば、移動する必要はないですし、心配もいらないと思います。FSMOはほとんど「Active Directory構成の変更」や「大量のオブジェクト作成」といったところで活躍するもので、平たくいうとドメイン自体の構成変更やドメインコントローラーの追加・GPOの編集といった作業を行っていない限り、問題は発生しません。
むしろ、FSMOを勝手に移動すると移動後に「整合性を確認するための複製作業」といった追加作業が発生してしまい、かえって面倒になったり、バックアップ取得後に問題が起こる可能性があります(FSMOの整合性がおかしくなる)。よほど長期のダウン状態でない限り、FSMOはそのままにしておくのが、一般的には望ましいです。
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