rockdown76 さん、こんにちは。
フォーラムオペレーターの三沢健二です。
FSMT で共有フォルダを移行する場合、移行元として Windows Server 2003 の SP 無しと SP1 を指定する事は可能と思われます。
- 参考情報
Microsoft File Server Migration Toolkit 1.2
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=ja&FamilyID=d00e3eae-930a-42b0-b595-66f462f5d87b
--- 抜粋 ---
[ファイル サーバー移行ウィザード] の要件
ソース ファイル サーバーは、Windows NT Server 4.0、または Windows 2000 Server ファミリ、Windows Server 2003 ファミリ、Windows Server 2008 ファミリのいずれかに属するオペレーティング システムを実行している必要があります。
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少し私の方で試してみましたが、Windows Server 2008 R2 に FSMT をインストールして、Windows Server 2003 SP1 の共有フォルダを Windows Server 2008 R2 に移行する事が出来ました。
（Win2003 SP無しは試してません）
なお、DFS の情報を移行する場合には、移行先の Windows Server 2008 R2 上で dfsutil コマンドを使用すれば可能と思われます。
例：dfsutil /Root:<DFS 名> /ImportRoot:<マスター DFS 名（移行元）> /Mirror
また、共有フォルダのアクセス権をローカルアカウントで管理されている場合には、さらに注意が必要となります。
- 参考スレッド
ファイル（フォルダ）のアクセス権限移行手段
http://social.technet.microsoft.com/Forums/ja-JP/windowsserver2008r2ja/thread/244075f4-744c-4f26-98e1-97130be29f5d
実際にどのような方法で移行するかについては、現在の構成や移行後の想定されている構成（名前空間サーバやホスト名をどうするか）などが把握できていないと具体的なアドバイスは難しいと思われますので、可能であれば
弊社有償サポート へご相談いただければと思います。
（考慮すべきポイントが多数あると思われますので、、、）
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
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マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
