本件ですが、O365 のサポートに問い合わせたほうがよいかと思います。
というのも、Office 365 はクラウドサービスという性質上、サービスの内容や動作が突然、変わることがあります。
数か月前の動作とは異なるといった場合は、ままあります。
ライセンスが複数ある場合、ライセンスの付け替えが発生するだけですので、メールボックスはつけ変わることはしません。
また、E1では メールボックスサイズの 50GB のなかでやりくりします。
そのため、E3 からライセンスを E1に付け替えると、50GB のメールボックス容量には変更がありません。
EOA で保持しているアーカイブ機能(こちらは、メールボックスとは別の領域)を E1 では使用できませんので、そもそも EOA で保持されているデータはすべて移行されないという結果になると思います。
