その際 Hyper-V のホスト側の時刻は合っているということですよね。。。
ある意味後ろ向きの対応かもしれませんが、
仮想マシン上のOSがそれぞれネットワーク経由で同期を行えるのであれば、
Hyper-Vの「時刻の同期」機能は使わないという方法はだめでしょうか。
話がこの問題とはことなりますが、実験環境で、
Hyper-Vの仮想マシンでADサーバーを稼働させ、
それをホストしているHyper-Vサーバーもそのドメインに参加させて、
「時刻の同期」を行っていると時刻が全体にずれていくことがありました。
この場合「時刻の同期」をはずすと問題がなくなりました。
あとは、参考にはならないかもしれませんが気になることと言えば、
1時間というと夏時間関係?
ハードウェアクロックは?
とかあたりでしょうか。