こんにちは。
ご質問の現象なのですが、Microsoft Answers に上がっている下記のスレッドを一度ご確認いただけますか?
Internet Explorer 9 をインストールして以来、日本語入力ができなくなることがある
もし、該当するようでしたら、その現象をAnswers の方で報告してみてください。
nakamuramasaru さん、その後問題は解決しましたでしょうか。
同様の現象に遭遇した場合に、他の方に参考になりそうな情報に、[回答としてマーク] をつけさせていただきましたが、 納得いかない場合は、マークを解除していただいてもかまいません。
その際、解決した、別の方法で解決した、まだ解決していない、など、何か続報があれば書き込んでいただけると嬉しいです。