これ、私の使っているマシン2台でほぼ同様の症状が起きています。
1台は新品マシンに常用アプリをセットアップ中から起きるようになったので、ハードウェア・ドライバ・IEに手を入れる類のアプリ等の複合的な問題ではないでしょうか。
いまのところ疑っているアプリ・ドライバ・環境は以下の通りです:
Win7 64bit / TortoiseGit / NVIDIAの新しめのドライバ / JAVA7
NVIDIAドライバとJAVAの相性は別のWinXP環境で過去にも問題が起きたことがあります。
ですが、今回の場合本丸はTortoirseGitだと感じています。で、一度入れてしまうとTortoiseGitだけアンインストールしても症状の軽減がありません。