チャブーンです。
まず、SNPの問題と疑っておられることに関してですが、SNP互換性で一番問題になるのはWindows Server 2008 (以降) = Windows Server 2003/XP 間のケースで、Windows Server 2008 /Vista以降同士の接続ではその可能性はグッと下がります。また、SNP機能に関してWindows Server 2008(R2でない)では不具合がありましたが(修正プログラムがでています)、2008 R2以降ではこういった問題もほぼありません。
おそらく、キーワードによる検索結果を根拠にされていると思われますが、今の段階でSNP無効化を試されても、良い結果は出ないと思います。まずは、「ログオンが遅くなった環境」の現状調査を行って、問題の切り分けをしないと、徒労となってしまうでしょう。
- 問題の環境と問題が起こらない環境の違いはなにか(OSのバージョン・ネットワーク周りの設定等)
- 問題が起こった環境のクライアントの「イベントログ」を確認する(問題のない環境と違う「警告」「エラー」のイベントがないか)
イベントログによるエラーメッセージの確認はとくに重要です。これを行うことで、内部の挙動の状態がわかるので、対策が立てやすくなります。
また、ネットワーク周りについて、「参照先DNSサーバー」の設定が不適切だと、名前解決が適切に行えずログオンの遅延が発生することもあります。不適切な設定でも通常は正常に動作することがあり、「問題ない環境もあるから大丈夫」ということにはなりません。この話しについては、関連のある過去ログをご覧になってみてください。
https://social.technet.microsoft.com/Forums/ja-JP/6809f680-28c2-4ff1-93cd-0b6db60e4828/dns?forum=activedirectoryja
