お世話になります。
頂きましたご質問に関しまして、まだどなたも回答されていないようです。
インターネットに接続するタイプで構成する方法が、Dynamics CRM 4.0とDynamics CRM 2011では異なっています。
以下のブログ記事のように、Dynamics CRM 2011では、AD FS 2.0を利用したクレームベース認証を構成します。
ご参考になれば幸いです。
Dynamics CRM 2011 クレームベース認証構成のポイント
http://blogs.msdn.com/b/crmjapan/archive/2011/12/14/dynamics-crm-2011-claim-authentication-tips.aspx
なお、このブログ記事内で「クレームベース認証構成の手順書」として参照されている資料の置き場所が変わっているようです。以下のように、Webページ上で閲覧できるものとなっています。
Configuring Claims-based Authentication for Microsoft Dynamics CRM 2011（英語）
http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg188579(v=crm.6).aspx
お客様がご質問されている「証明書」に関する内容は、本資料の Planning for claims-based authentication -> Certificate selection and requirements
セクションの記載をご参考にして頂けると考えます。
また、必要に応じてマイクロソフトの技術サポートをご利用頂くことで、原因や解決策について調査することなどが可能と考えます。
よろしくお願いします。
