ということは 英語版OS から接続すると 日本語版OS であっても 英語版キーボードが適用されるということでしょうか？
前述のように、Windows のインストール言語と、キーボード ハードウェア、キーボード レイアウトとは、無関係です。
何語版の Windows に、何語のキーボード ハードウェアを接続して、何語のキーボード レイアウトにしようと、使用者の自由です。
英語版キーボードだと「￥」が入力できないと思いますが、これは回避可能なのでしょうか？
接続元がそのようなおかしな環境なら、接続先でも同じようにおかしな環境になります。（接続元・接続先の Windows のインストール言語が何語であっても）
接続元が意図したとおりの環境なら、接続先でも同じように意図したとおりの環境になります。（接続元・接続先の Windows のインストール言語が何語であっても）
具体的に言えば、タイ語版 Windows に親指シフト キーボードをつないでフランス語レイアウトにして使っている接続元からは、韓国語版 Windows に接続しても、ロシア語版 Windows に接続しても、親指シフト キーボードをフランス語レイアウトにした環境になります。
そして、接続先のアプリケーションで言語バーのフランス語をドイツ語に変更すれば、そのアプリケーション スレッドでは、親指シフト キーボードにドイツ語レイアウトをあてはめた状態で入力できます。
（Windows 7 に親指シフト キーボード ドライバが残っているか、親指シフト キーボードで日本語レイアウト以外を使いたい人がいるかどうか、知りませんが、システム的にはそういうことです）
前述のように、もし接続元と接続先が同じ環境にならないと感じたときは、接続先でログオフして接続しなおせばよいはずです。
