Windows 10 IoT Enterprise for Thin Client の端末の導入を検討されているということでしょうか？
> ドメインに参加させて利用するケース
Thin Client 自信をドメインに参加させるということですね。
Thin Client の場合、Thin Client 自体のユーザー アカウントで作業するということは想定していないでしょうからユーザー管理面でのメリットは無いでしょうが、コンピュータ自体の管理には有効なので、その部分が「メリット」と言えるでしょう。「デメリット」を特に意識する部分はあまりないように思いますが、強いて言えば管理するデバイス数が増える点でしょうか（Thin Client から接続する VDI 環境などと、Thin Client 自身の両方を管理することになるため）。
Windows 10 IoT Enterprise for Thin Client については基本的にベンダー提供製品でサポートもベンダーになりますから、導入検討をされるのであれば、（可能なら複数の）ベンダーにもよく相談される事をお勧めします。
hebikuzure
