OneDriveが有効であれば以下のコマンドでリンクを作成すればバックアップされるはずです。
mklink /D C:\Users\%UserName%\OneDrive\デスクトップ C:\Users\UserName\Desktop
mklink /D C:\Users\%UserName%\OneDrive\ドキュメント C:\Users\UserName\Dcuments
mklink /D C:\Users\%UserName%\OneDrive\ピクチャ C:\Users\UserName\Pictures
OneDriveを有効にするには以下のコマンドを実行して再起動してください。
reg add “HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\OneDrive” /v “DisableFileSyncNGSC” /t REG_DWORD /d “1” /f