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特定のアプリケーションが「管理者として実行」で実行しなければ起動しなくなった。

質問
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お世話になります。
2020年2月より、弊社システムで利用している特定のアプリケーションが「管理者として実行」で実行しなければ起動しなくなりました。(詳細は下記参照)
権限設定周りに問題があるのではと想定しておりますが、当方で確認した範囲では事象が改善しませんでした。
後述の<確認済み事項>に記載しておりますが、事象発生端末に別ユーザーを作成したところ、通常通り起動することができたため、
ユーザの細かな設定の違いを確認したいのですが、通常の見える範囲(IE:インターネットオプションの設定、アプリケーション:詳細設定)では違いを発見することができませんでした。
PC内のユーザ設定・権限設定に関する設定周りで、他に違いを比較して確認できるような部分があればご教示頂きたく存じます。
また、ユーザ設定に関わらず、「ここを確認した方が良い」という点があればアドバイス頂けますと幸いです。************************************
<前提>
PCに管理者権限でインストールしたアプリケーションを、ポータルサイトを介して起動している。
ポータルサイトはIEでの利用が前提で、デスクトップ上にショートカットを作成している。
複数の会社で利用するシステムにつき、200~300台のPCが利用しているが、発生したPCは18台。
当社で発生した端末は1台で、他は客先端末のため、事象改善の為に確認・設定変更できるのはこの1台のみ。<事象>
2020年2月月初にポータルサイトからアプリケーションが起動しない事象が発生。
デスクトップ上のショートカットを「管理者として実行」で起動すると、正常にアプリケーションが起動したが、
以後、常に「管理者として実行」で起動しなければアプリケーションが立ち上がらなくなくなってしまった。
2020年1月末に行ったアプリケーションのライセンス更新(※)がトリガーであると想定しているが、
「管理者として実行」でライセンスファイルが読み込まれた後も「管理者として実行」で起動しなければならない状態である。
旧ライセンスの有効期限である2020年1月末までは正常に起動できていた。
※ライセンスファイルをサーバに配備し、ローカル環境フォルダにダウンロードして更新している。<要望>
プロパティ設定により、常に「管理者として実行」で起動する方法については把握しているが、
「管理者として実行」せず、ユーザの再作成も行わず、現ユーザのまま従来通り起動させたい。<端末>
・Windows10(ビルドは様々1803,1903,1909)
・IE11(更新バージョンは様々)<確認済み事項>
・インターネットオプションの設定(信頼済みサイト等、正常起動しているPCと同じ設定になっていることを確認)
・アプリケーションの再インストール(レジストリ削除等含む)
・IEの再インストール
・UAC最下に設定して起動
・WindowsUpdate実施
上記全て、事象改善せず。
事象発生端末に別のユーザBを作成 ⇒ ユーザBではショートカットから従来通り起動できることを確認。
事象発生ユーザAのアプリケーション・IEに関するレジストリをユーザBにコピー ⇒ 変わらずユーザBは従来通り起動できることを確認。************************************
初めての質問となりますため、お見苦しい部分もあるかと存じますが、よろしくお願いいたします。