チャブーンです。
この件ですが、原則的にドメイン機能レベルはドメイン内、フォレスト機能レベルはフォレスト内、の「ドメインコントローラ同士の影響」しかありません。つまり、フォレストが別のドメインとの信頼関係では、信頼先の設定には影響を与えません。
したの資料にも、機能レベルをあげることで信頼関係に影響は出ない、という記述があるようです。
https://blogs.technet.microsoft.com/askds/2011/06/14/what-is-the-impact-of-upgrading-the-domain-or-forest-functional-level/
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...Older functionality is still supported so any applications or services that used those functions will continue to work as before —
queries will be answered, domain or forest trusts will still be valid, and all should remain right with the world.
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ですが、これは最近のWindowsの話しであり、Windows NTが信頼先であることは想定していません。Windows NTを信頼先とする場合、端的にいうとWindows Server 2008 R2以降のドメインコントローラで構成することはできません。Securityレベル等さまざまな機能の違いで、これのバージョン以降は「非サポート」であることが明記されています。
http://support.microsoft.com/kb/2021766
※このページは現在は存在しないようなので、Internet Archive等で検索して、内容を確認してください。
現時点では、おそらく古いバージョンのWindows Serverでドメインコントローラが構成されていて、ドメインコントローラのアップグレード→ドメイン機能レベルをあげる、という流れを考えておられると思うのですが、Windows NTがいる限り、アップグレードの段階で不可能です。Windows NTのシステムと分離させるか、Windows NTを更改する方向で検討されるより、方法はないと思います。
追記:どちらも難しい場合、現状ではWindow Server 2008(not R2)までであれば、かろうじてWindows NTの信頼関係はサポートされるはずなので、この方面で対応することになると思います。全サーバ・クライアントのセキュリティの設定について、[Windows NT 4.0 と互換性のある暗号化アルゴリズムを許可する] ポリシーを設定するといった工夫もおそらく必要です。
ご自身でどうしていいかわからない、という状況かと思いますので、MS有償サポートに相談いただくことはほぼ必須かと思います。
フォーラムは有償サポートとは異なる「コミュニティ」です。フォーラムでご質問頂くにあたっての注意点 をご一読のうえ、お楽しみください。
