こんにちは。こちらでも同じ状況になり，慌てたことがあります。
windowsUpdateの設定はどうしていましたか。
当方のケースでは，Win2012Standardで，「ダウンロードのみとしインストールするかどうか確認する」としておいたところ，
何故か，リモートデスクトップ接続時，勝手に再起動が実施されました。よほど重要なパッチだったのかもしれませんが。
自身以外にコンソールを操作していた方もおらず，共有フォルダへのアクセスもゼロだったため，結局どの更新プログラムかも確認しませんでしたが，それからは，「確認のみ」にしています。
なお，自動的にダウンロードはさせないとならないネットワーク環境の場合は，グループポリシーの設定を調整する手もあります。
コンピュータの構成－管理用テンプレート－Windowsコンポーネント－Windows Updateとたどり，
ここにある，
［スケジュールされた自動更新のインストールで、ログオンしているユーザーがいる場合には自動的に再起動しない］
を，有効にする。
これで，とりあえず，勝手な再起動は防げるのではと思います。
この場合，通知メッセージがでるようになりますが，うっかりクリックしてしまうと，再起動しますので，注意が必要です。
