チャブーンです。
(1)のご質問と(2)(3)のご質問は、中身的に全然違うモノです。まとめてカンペキに答えられる、というような人もいらっしゃらないでしょうし、話題が違うので異なるスレッドに分けたほうがいいですよ。答えられる範囲で簡単にお答えします。
(1)はトラブルシュートをして「フォルダリダイレクト」を正しく適用し直す方向で対応することになるのでしょう。なにかのコマンドで「壊れたところだけ修正してつじつまを合わせる」ということはできないと思いますよ。まずRSoPコマンド等で「何がどう適用されているのか」からの調査になりそうですが、この掲示板で「全部問題解決」は難しいと思います。すぐに直したい、という方向ならMSの有償サポートにお願いするのが間違いないでしょう。
(2)(3)ですが、「Active Direcotryで任意の属性の値を付け替えたい」という話しでしょうか？であるなら、標準的な手法はADSIスクリプトで実行してもらう必要があります。(もちろん作り込みが前提で用意された何かがあるわけではないです)。
うえの要件を実現するコマンドですが、Windows標準ではないので(dsmodで一部は実現できますが)、サードパーティ製のツールを使うといいのではないでしょうか。adfindとadmodはdsqueryやdsmodより強力な機能があります。
http://joeware.net/freetools/
